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用途用于增加果汁產量和澄清度，也用于麻的脫膠用途適用于紡織、服裝、釀造、食品、造紙等行業用途植物細胞雜交和花藥培養；促進果膠水解蔗糖和半乳糖醛酸用途果膠酶可催化果膠中的甲酯水解，以及將多聚半乳糖醛酸分解成較小分子多聚物。可作為飲料的澄清劑，也用于橘子脫囊衣等。我國規定可用于糖水橘子罐頭(去囊衣)、果酒、果汁，按生產需要適量使用。生產方法本酶主要來自霉菌，工業生產主要采用黑曲霉作為生產菌。在含有豆粕、蔗糖、蘋果渣等固體培養基中培養；然后用水Chemicalbook提取，經有機溶劑沉淀，再分離、干燥、粉碎即得產品。商品制劑中還需加入硅藻土、葡萄糖等填充料和防腐劑、穩定劑等。

果膠酶是水果加工中最重要的酶，應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。應用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩定性。并通過掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細胞的超微結構，顯示出單一果膠酶制劑或纖維素酶制劑對南瓜果肉細胞壁的破壞作用遠不如復合酶系。又如張倩等提出了一種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應用前景