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應用纖維素酶現在已廣泛地應用于紡織、日用化工、造紙、食品發酵、工業洗滌、煙草、石油開采、廢水處理及飼料等各個領域，其應用前景十分廣闊。天然纖維素酶存在于微生物、某些昆蟲和植物中。植物種子萌發時，纖維素酶水解種皮纖維素，利于出苗。草食反芻動物內的共生細菌和原生動物能分泌纖維素酶，將纖維素水解為可被吸收的糖。利用微生物分泌的纖維素酶進行農副產品加工，可生產優質飼料和葡萄糖。農業上應用綠色木霉(富含纖維素酶的一種真菌)進行飼料發酵，可提高纖維素類飼料的Chemicalbook營養價值。纖維素酶制品是分離植物原生質體的主要試劑之一，在植物細胞融合實驗中，常用纖維素酶或蝸牛酶分解去除細胞壁，以分離獲得需要的原生質體。大多數工業用的纖維素酶都是葡萄糖苷內切酶，含有一個催化區和一個纖維素連接區。沒有纖維素連接區則酶對于纖維素的活性很低。有人對纖維素酶和蛋白酶進行了對照研究，發現纖維素酶的活性與吸附的強弱關系更大。Trichodermareesei的纖維二糖水解酶催化區域169位的氨基酸殘基Tyr能協助葡萄糖環轉換成更容易反應的構型。